Así que el serbio era el encargado de meter al Deportivo en la historia de la Liga. La temporada 1999-2000 supuso el principio del fin para el equipo del centenario, acabando la liga en 11.ª posición. Según los rumores del entorno rojiblanco, se hablaba de problemas en el vestuario; de hecho, a partir de esa temporada, la estrella del equipo, Julen Guerrero, se vio relegado al banquillo para sorpresa de muchos.