Las decisiones arbitrales, correctas o incorrectas, como siempre, fueron un tema de las discusiones; como por ejemplo las tres tarjetas amarillas mostradas al jugador de Croacia Josip Šimunić por el árbitro Graham Poll en el último partido de la fase de grupos ante la selección australiana que acabaría empatado a 2 goles; el mal arbitraje del eslovaco Lubos Michel fue tema de acaloradas discusiones, sobre todo desde el lado albiceleste, en el partido de cuartos de final Alemania contra Argentina.
